华藏寺，由原昆山马鞍山东北麓“华藏讲寺”传承而来。原“华藏讲寺”之前身为“般若讲院”（《玉峰志》称“华藏教院”）。“华藏讲寺”，建于北宋宣和间（公元1119年——1125年），由信法师所创，将山北麓慧聚寺子院改建为“十方贤者讲寺”，并易此名。

 

明洪武十三年（公元1380年），僧大雅将“华藏讲寺”从马鞍山北麓移建于西山之巅，殿宇东向。在殿宇之西有多宝塔。

 

光绪十三年（公元1887年）僧洪钦募建后殿。十九年（公元1893年）僧性澄募建。大殿仍因旧址皆东向。寺与塔，历经沧桑岁月，于1958年拆除。

 

1992年6月，昆山市人民政府批准重建华藏寺，地址在马鞍山南麓翠微阁西，用地面积五亩。

 

1997年8月，华藏寺再次易地重建于马鞍山之南、马鞍山路之北、亭林公园西大门之东，建筑面积3000平方米。

 

1998年10月5日,前中共中央总书记、国家主席江泽民视察昆山市亭林公园时，在园内华藏寺旁亲切接见了秋爽法师等，勉励僧人们要爱国爱教、为民造福。

 

历经三年的艰苦筹建，时至2001年10月华藏寺方始竣工。

 

2004年6月5日举行隆重而又盛大的开光庆典，由华藏寺主持秋风大和尚致答谢词。

 

寺院前有横跨在小溪上的伯生桥，寺院楼宇俱是宋代建筑风格，屋顶铺设有金黄色的琉璃瓦，寺内设有天王殿、大雄宝殿、观音殿、地藏殿等，构思精巧、布局佳妙、气宇轩昂、巍巍壮观！